肠胃炎的药物治疗方案需依据患者的具体症状表现及病因进行个体化选择，不存在适用于所有情况的“最佳”药物。以下介绍几类常用药物及其使用注意事项。
对于因胃酸分泌过多引发的胃痛、烧心等不适，抗酸药物是常见选择。其中，质子泵抑制剂如奥美拉唑、兰索拉唑等应用广泛。它们通过高效抑制胃壁细胞的质子泵，显著减少胃酸分泌，从而缓解胃黏膜所受的刺激与损伤。需要注意的是，此类药物应在医生指导下按推荐剂量服用，避免长期不间断使用，以防胃酸过度抑制，可能影响正常的消化功能及营养物质的吸收。
若患者出现腹泻症状，尤其是非感染性腹泻或作为感染性腹泻的辅助治疗时，可考虑使用止泻药物，例如蒙脱石散。它能覆盖在消化道黏膜表面，通过吸附病原体及其产生的毒素，并固定抑制这些有害物质，帮助大便成形，缓解腹泻。但必须注意，在疑似细菌感染且伴有高烧或脓血便的情况下，应谨慎使用或在医生明确诊断后使用，以免强行止泻导致病原体滞留体内，延长病程。
针对肠胃炎常伴随的痉挛性腹痛，解痉药物如匹维溴铵能够发挥作用。它们通过选择性松弛胃肠道平滑肌，缓解肠道肌肉的过度痉挛，从而减轻疼痛。使用时应关注自身反应，部分患者可能出现口干、视物模糊等副作用。
此外，维持水电解质平衡是肠胃炎治疗的基础，尤其在呕吐腹泻严重时。口服补液盐能有效补充流失的水分和电解质，预防及纠正脱水，其重要性不亚于任何药物。
当存在明确的细菌感染证据时，医生会根据病原菌种类选用合适的抗菌药物，如左氧氟沙星、阿莫西林等。但必须强调的是，抗菌药物属于处方药，严禁自行购买使用，滥用不仅无效，还可能引起肠道菌群失调，甚至促进细菌耐药性的产生。
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