在药物治疗方面，抗酸药物是常用的选择之一，例如奥美拉唑、兰索拉唑等质子泵抑制剂。这类药物主要通过抑制胃壁细胞分泌胃酸，从而有效缓解胃痛、烧心等不适症状。然而，患者需注意，长期或大剂量使用质子泵抑制剂可能增加骨质疏松或某些感染（如肠道感染）的风险，因此务必在医生指导下规范使用，不可自行调整剂量或疗程。
另一类常用药物是胃黏膜保护剂，包括枸橼酸铋钾和硫糖铝等。它们的作用机制是在胃黏膜表面形成一层保护性薄膜，隔离胃酸、胃蛋白酶等攻击因子，同时促进受损黏膜的修复和愈合。在使用铋剂时，部分患者可能出现大便颜色变黑的现象，这通常是由于药物在肠道内形成硫化铋所致，属于正常药理反应，一般无需特殊处理，停药后即可逐渐恢复正常。
此外，促胃肠动力药也常用于功能性消化不良等情况，例如多潘立酮、莫沙必利等。这类药物能够增强胃肠道的蠕动能力，协调胃与十二指肠的运动，从而改善餐后饱胀、早饱、恶心等症状。需要注意的是，促动力药可能与其他药物发生相互作用，部分患者可能出现轻微腹痛、腹泻等不良反应，因此建议在医师或药师指导下合理选用。
对于伴有明显焦虑、抑郁情绪的胃肠疾病患者，医生有时会酌情使用抗焦虑或抗抑郁药物。这类药物不仅能够调节情绪，还能通过脑-肠轴机制影响胃肠感觉与运动功能，从而缓解与情绪相关的消化道症状。此类药物通常起效较慢，需按疗程服用，并严格遵循医嘱，不可随意停药或换药。
最后，根除幽门螺杆菌感染常采用包含抗生素在内的四联疗法，疗程通常为10至14天。治疗期间必须规律服药，完成整个疗程，即使症状提前缓解也不可擅自停药，否则易导致治疗失败或细菌耐药。同时，应注意观察有无过敏反应或肠道菌群失调等相关不良反应。
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